הסרט, שצולם לאורך 21 שנה, עוקב אחר מסעו האישי של הרב עמיחי לאו־לביא, נצר לשושלת בת 38 דורות של רבנים אורתודוקסים, בהם אחד שכיהן כרב הראשי לישראל. לאו־לביא נקרע בין קבלת ייעודו למרידה בו, ובינתיים מתחיל להופיע כמלכת דראג, מביא לעולם ילד ומייסד קהילת פופ אפ נסיונית בניהול אמנים – מסגרת שפתוחה לכולם, ובה אמונה דתית היא בגדר רשות. "מלכת השבת" מתלווה לניסיון המתמשך שלו לדמיין מחדש את הדת והפולחן בצורה יצירתית ורדיקלית, להתריס כנגד הפטריארכיה והדעות הקדומות, לתמוך באהבה בין־דתית ולקדם את השלום. הסרט בוחן את משמעותה של הישרדות יהודית במאה ה-21, מאה כה קשה שמתאפיינת בשינויים תדירים.